一つ前に保存された設定からの変更がない場合に、変更履歴を保存しません。
設定を一切変更せずに参照だけしてから保存ボタンを押すと、多くの場合、変更履歴が重複して保存されます。

メインの設定ページが保存されたときにも、すべてのシステム設定が再保存されるので、システムレベルの設定では多くの場合、変更履歴が重複して保存されます。